Ceux qui s’opposent aux aliments génétiquement modifiés impliquent un large éventail de groupes d’intérêt, de Greenpeace aux associations d’agriculteurs en en particulier aux Églises chrétiennes, et ainsi de suite. Leur opposition est concentrée dans trois domaines :
Premièrement, la modification génétique est contraire à la nature et donc nuisible. Les partisans rétorquent que les cultures d’aujourd’hui ne sont plus des variétés primitives, sinon les légumes que les gens mangent devraient être les mêmes que l’herbe que les animaux mangent.
Deuxièmement, une fois que les gènes résistants aux herbicides ou les fonctions toxiques d’abattage des ravageurs sont introduits dans les plantes, les aliments qu’ils fournissent sont-ils sans danger pour les humains? En réponse à ce point, les partisans ont souligné que jusqu’à présent, aucun institut de recherche qualifié n’a trouvé de preuves que les aliments génétiquement modifiés nuisent à la santé humaine, mais leur impact à long terme ne peut être déduit, et il est difficile d’obtenir des preuves complètes pour convaincre les gens.
Troisièmement, est-il possible que la promotion des plantes génétiquement modifiées affecte trop rapidement l’agriculture et l’environnement écologique? La promotion de cultures génétiquement modifiées résistantes aux herbicides peut encourager les agriculteurs à surutiliser des herbicides, causant des dommages ou même l’extinction de certaines cultures non principales. De nombreux agriculteurs des pays en développement ont utilisé des cultures non principales comme aliments supplémentaires ou comme aliments pour animaux. La U.S. Fisheries and Wildlife Administration a découvert que 74 espèces végétales sont touchées par des herbicides et sont en voie de disparition.